台北農事試驗場原位於台北市東門外,現在是台大醫院新館的地方,1903年5月16日才搬到台北廳大加蚋堡頂內埔庄,也就是後來改為富田町的新址,同年11月17日再合併台中及台南的農事試驗場,集中於台北成立台灣總督府農事試驗場,由藤根吉春擔任首任的場長,同樣辦理農、畜產增殖改良和養蠶的試驗工作,以及招收農事講習生,報名資格改為家中田地只要1甲以上,但必須至少讀到公學校五年級的學歷,授課期間延長為2年。農事試驗場接著又開辦獸醫講習和林業講習,已開始具有農業學校的雛形。
隨著業務越來越多,農事試驗場內部於1908年7月23日開始劃分為種藝、農藝化學、昆蟲、植物病理、畜產、教育及庶務等7個部,分別掌理轄管業務。而農事試驗場的教育課程於1911年也改良為豫科、農科和獸醫科,後來又增加蠶業科,授業期程豫科1年、農科和蠶業科2年、獸醫科3年,若報名人數超過預定招收人數,還須加考國語和算術。另外,1919年4月18日成立台灣總督府農林專門學校,初期只招收3年制的豫科,3年後改制為台灣總督府高等農林學校,並遷入農事試驗場全面取代原本的農事講習,招收豫科、農業科及林業科學生。
台灣總督府於1921年8月2日修正中央研究所官制,農事試驗場與糖業試驗場、茶樹栽培試驗場、園藝試驗場、種畜場等研究機構被一起整併為中央研究所的農業部,農業部底下設有種藝、農藝化學、植物病理、應用動物及畜產等5科,仍使用台北市富田町原農事試驗場廳舍和試驗場,並且是與高等農林學校一起共用。嗣後中央研究所於1939年4月28日裁撤,農業部改制為台灣總督府農業試驗所,下轄育種農藝、農藝化學、病理昆蟲、畜產、園藝等5科和總務課。
而高等農林學校於1927年5月20日改名為台灣總督府台北高等農林學校,1928年台北帝國大學成立之後,則被併入成為台北帝國大學附屬農林專門部,後於1943年脫離台北帝國大學,遷往台中市,改制為台灣總督府台中高等農林學校,即現在的國立中興大學前身。
第二次世界大戰結束後,台灣總督府農業試驗所改為台灣省農業試驗所,直隸於台灣省行政長官公署,1949年改隸屬於台灣省政府農林廳轄下。後來隨著台北市都市發展,原址已不足以因應現代農業試驗研究之需,遂於1977年12月搬遷至台中縣霧峰鄉,之後處分土地予台灣工業技術學院等機關學校,農業試驗所原廳舍位置現為台灣電力股份有限公司台北市區營業處。

▲ 由蟾蜍山上向下望,照片右邊的建築物是農業試驗所廳舍
(圖片來源:臺北高農林學科第一回卒業記念アルバム,1928年)

▲ 農業試驗所廳舍,也曾是台北高等農林學校的校舍
(圖片來源:米穀大會記念寫真帖,1935年)

▲ 再更早之前是農業試驗場的廳舍
(圖片來源:臺灣總督府農事試驗場創立十年紀念,1913年)

▲ 農業試驗所廳舍前的小圓環,有1座藤根吉春的胸像
(圖片來源:臺北高農農學科第四回卒業紀念寫真帳,1928年)

▲ 畢業生在總督府農事試驗場第一代場長藤根吉春的胸像前合照
(圖片來源:臺北高農林學科第一回卒業記念アルバム,1928年)

▲ 台灣總督府農事試驗場昆蟲部,興建於1903年
(圖片來源:臺灣總督府農事試驗場創立十年紀念,1913年)

▲ 裕仁皇太子參觀中央研究所農業部,後面這棟房子現在還在
(圖片來源:行啟記念寫真帖,1923年)
▲ 1936年的台北市地圖,林小昇用紅色標出中央研究所農業部廳舍的位置
(圖片來源:改正臺北市全圖,1936年)
▲ Google Earth 衛星圖,可與上圖對照今昔差異

▲ 總督府農事試驗場昆蟲部,在農業試驗所廳舍對面

▲ 總督府農事試驗場昆蟲部最早是台北農事試驗場廳舍

▲ 目前是中華民國對外漁業合作發展協會在使用