▲ 中央研究所正面外觀
（圖片來源：台灣寫真帖 第8集，1915年）
中央研究所建築是由總督府營繕課設計，為文藝復興式建築，基地面積約7,586坪，建物坪數約3,419坪，平面呈ㄈ字型，自1907年開始，以5年的時間分階段陸續興建，工程由堀內商會承攬，預算為建築費50萬元再加上設備費5萬元。1909年一部份建築完成後，即由專賣局的檢定課為基底，加入殖產局、醫學校及各試驗所的研究人才和設備，於1909年4月1日正式成立中央研究所開始運作，最初名稱為「台灣總督府研究所」，首任所長由台灣總督府醫學校校長高木友枝兼任，剛成立時僅有化學部和衛生學部，化學部的研究範圍包括一般化學分析、農業化學、工業化學、電氣化學、物理化學等，衛生學部研究範圍包含細菌學、原生動物學、傳染病預防與治療、熱帶醫學、藥物學、毒物學等。
1916年12月中央研究所修正編制，除化學部和衛生學部之外，再增設釀造學部、動物學部和庶務部。1921年8月2日更整併納入農業試驗場、糖業試驗場、茶樹栽培試驗場、園藝試驗場、種畜場、林業試驗場等研究機構，更名為「台灣總督府中央研究所」，首任所長由台灣總督府總務長官賀來佐賀太郎兼任，並且擴大組織編制為農業部、林業部、工業部、衛生部及庶務課，其中農業部位在台北市富田町329番地原農業試驗場，林業部位在台北市南門町6丁目2番地原林業試驗場，只有工業部、衛生部和庶務課在台北市幸町原總督府研究所內。到了1932年3月22日，糖業試驗所又從中央研究所分離出去，成為獨立的機關。
▲ 由台北醫院屋頂望向中央研究所
（圖片來源：最近の台灣：始政三十年記念，1925年）
中央研究所農業部下分為種藝科、農藝化學科、植物病理科、應用動物科及畜產科，除此之外，還有士林園藝試驗支所、平鎮茶葉試驗支所、魚池紅茶試驗支所、嘉義農業試驗支所、恆春種畜支所、嘉義種畜支所、大埔種畜支所等與農業部相關的支所；與林業部相關的支所有中埔林業試驗支所、恆春林業試驗支所；工業部下分為有機工業化學科、無機工業化學科、電氣化學科、醱酵工業科；與衛生部相關的支所有台中藥品試驗支所、台南藥品試驗支所。中央研究所各部每年都會將其研究成果，整理出版為研究報告。
▲ 裕仁皇太子視察中央研究所後乘車離開
（圖片來源：行啟記念寫真帖，1923年）
天下大勢，分久必合，合久必分。台灣總督府於1939年4月28日撤廢中央研究所，將原本的農業、林業、工業及衛生4部，再分別改制為農業試驗所、林業試驗所、工業研究所及熱帶醫學研究所。工業研究所和熱帶醫學研究所繼續使用台北市幸町原中央研究所廳舍，熱帶醫學研究所改隸屬於台北帝國大學之下，所長由台北帝國大學總長三田定則兼任，分為熱帶病學科、熱帶衛生學科、細菌血清學科、化學科和庶務課，除了原本台中、台南支所外，還增設了士林支所，士林支所專供細菌學的預防治療研究、調查與試驗，製造血清及疫苗。工業研究所所長為池田鐵作，該所下分為有機工業化學部、無機工業化學部、醱酵工業部、化學分析部和總務課，1939年工業研究所另外買了台北市大安十二甲的土地，規劃興建新廳舍後遷出，但僅完成二號館1棟，其餘建築因戰爭影響未能繼續興建。
農業試驗所在台北市富田町，下分為育種農藝科、農藝化學科、病理昆蟲科、畜產科、園藝科及總務課，另設有士林園藝試驗支所、平鎮茶葉試驗支所、魚池紅茶試驗支所、嘉義農業試驗支所、嘉義畜產試驗支所、鳳山熱帶園藝試驗支所、恆春畜產試驗支所、台東熱帶農業試驗支所。林業試驗所在台北市南門町，首任所長為關文彥，該所下分為殖育科、施業科、利用科和庶務課，支所除了原本中埔支所和恆春支所之外，又增加了位在台中州新高郡魚池庄的蓮華池支所，以及位在台東廳台東郡太麻里的マリブル（麻里烏社）支所。
▲ 1945年拍攝的空照圖，中央研究所北側屋頂被美軍炸壞
（圖片來源：台北市百年歷史地圖）
▲ 中央研究院原址現在是教育部，以及中央聯合辦公大樓等機關
第二次世界大戰時，原總督府中央研究所廳舍建築於美軍空襲台北時受到損害，北側屋頂燒毀，建築物繼續供工業研究所使用，並且更名為台灣省行政長官公署工礦處工業研究所，當時工業研究所管理的建築物仍包括幸町本所和大安新廳舍2處，首任所長為陳華洲，他在後來的白色恐怖時代，因武漢大旅社案被整死在看守所，1947年台灣省行政長官公署工礦處改為台灣省政府建設廳，工業研究所也隨著改為台灣省政府建設廳工業試驗所，一直到1958年被裁撤，其研究試驗部門之設備與技術人員併入經濟部聯合工業研究所，檢驗業務及人員設備則與台灣省政府農林廳檢驗局合併為台灣省檢驗局。
國民政府於1949年敗逃到台灣，教育部無處辦公，先是借用台灣大學地質系館3樓，1954年嫌空間不足，改借用中山南路上台灣大學醫學系的校舍，即日本時代赤十字病院建築，工業試驗所裁撤後，教育部又把腦筋動到原總督府中央研究所建築上，1968年拆掉本館正面，以台灣大學藥學大樓的名義，委由王大閎設計，改建為5層樓的辦公廳舍。至於本館南、北兩側的部分，則是到了1985年才拆除，1988年8月動工改建為2棟地上18層樓、地下4層的中央機關聯合辦公大樓，至1992年落成啟用。
▲ 教育部是拆除原本中央研究院正面改建
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